Doanh nghiệp cần lưu giữ hồ sơ hải quan trong bao lâu? Những chứng từ không được phép làm mất

Trong hoạt động xuất nhập khẩu, nhiều doanh nghiệp cho rằng sau khi lô hàng được thông quan và hoàn tất việc nộp thuế thì hồ sơ hải quan không còn nhiều giá trị.

Đây là một quan niệm khá phổ biến nhưng tiềm ẩn nhiều rủi ro.

Thực tế, việc thông quan không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp đã hoàn thành mọi nghĩa vụ với cơ quan Hải quan. Sau khi hàng hóa được thông quan, doanh nghiệp vẫn có thể được kiểm tra sau thông quan, thanh tra hoặc kiểm tra chuyên đề theo quy định.

Trong những trường hợp này, hồ sơ hải quan chính là căn cứ quan trọng nhất để chứng minh tính chính xác của việc khai báo.

Vậy doanh nghiệp phải lưu giữ hồ sơ hải quan trong bao lâu? Những loại chứng từ nào cần được lưu? Nếu làm mất hồ sơ thì có ảnh hưởng gì?

Hãy cùng Đại Lâm Logistics phân tích chi tiết.


Vì sao doanh nghiệp phải lưu giữ hồ sơ hải quan?

Hồ sơ hải quan không chỉ phục vụ cho quá trình thông quan mà còn là tài liệu chứng minh toàn bộ hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp.

Trong quá trình kiểm tra, cơ quan Hải quan có thể yêu cầu doanh nghiệp xuất trình hồ sơ để đối chiếu các nội dung như:

  • Mã HS đã khai báo.

  • Trị giá hải quan.

  • Xuất xứ hàng hóa.

  • Điều kiện giao hàng (Incoterms).

  • Chứng từ thanh toán.

  • Việc áp dụng ưu đãi thuế.

  • Hồ sơ quản lý chuyên ngành.

Nếu doanh nghiệp không còn lưu giữ đầy đủ chứng từ, việc giải trình sẽ gặp nhiều khó khăn, thậm chí có thể ảnh hưởng đến kết quả kiểm tra.


Pháp luật quy định thời gian lưu giữ hồ sơ như thế nào?

Theo Điều 16 Luật Hải quan số 54/2014/QH13, người khai hải quan có trách nhiệm lưu giữ hồ sơ hải quan và các chứng từ liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo thời hạn do pháp luật quy định, đồng thời xuất trình khi cơ quan Hải quan yêu cầu.

Quy định chi tiết hiện hành yêu cầu doanh nghiệp lưu giữ hồ sơ hải quan trong thời hạn 05 năm, tính từ ngày đăng ký tờ khai hải quan.

Đây là khoảng thời gian để cơ quan Hải quan có thể thực hiện kiểm tra sau thông quan, thanh tra hoặc các hoạt động quản lý khác theo quy định của pháp luật.

Điều này cũng có nghĩa là, dù lô hàng đã được thông quan từ nhiều năm trước, doanh nghiệp vẫn có thể được yêu cầu xuất trình hồ sơ nếu thuộc phạm vi kiểm tra.


Những chứng từ nào doanh nghiệp cần lưu giữ?

Nhiều doanh nghiệp chỉ lưu:

  • Tờ khai hải quan.

  • Commercial Invoice.

  • Packing List.

Trong khi đó, để phục vụ việc giải trình khi cần thiết, doanh nghiệp nên lưu đầy đủ toàn bộ hồ sơ của lô hàng.

Một bộ hồ sơ nên bao gồm:

Hồ sơ thương mại

  • Hợp đồng ngoại thương (Sales Contract).

  • Commercial Invoice.

  • Packing List.

  • Báo giá (nếu có).

  • Phụ lục hợp đồng.

Hồ sơ vận tải

  • Vận đơn (Bill of Lading/Air Waybill).

  • Booking Confirmation.

  • Lệnh giao hàng (D/O) nếu liên quan.

Hồ sơ hải quan

  • Tờ khai hải quan.

  • Kết quả phân luồng.

  • Biên bản kiểm hóa (nếu có).

  • Quyết định kiểm tra hoặc các văn bản trao đổi với cơ quan Hải quan.

Hồ sơ thuế

  • Chứng từ nộp thuế.

  • Chứng từ hoàn thuế (nếu có).

  • Hồ sơ miễn, giảm hoặc ưu đãi thuế.

Hồ sơ thanh toán

  • Ủy nhiệm chi.

  • Điện chuyển tiền.

  • Sao kê ngân hàng.

  • Chứng từ thanh toán quốc tế.

Hồ sơ kỹ thuật

  • Catalogue sản phẩm.

  • Tài liệu kỹ thuật.

  • Bản mô tả hàng hóa.

  • Hình ảnh sản phẩm.

Đối với những mặt hàng có yêu cầu quản lý chuyên ngành, doanh nghiệp cũng cần lưu:

  • Giấy phép nhập khẩu.

  • Chứng nhận kiểm dịch.

  • Chứng nhận kiểm tra chất lượng.

  • Chứng nhận hợp quy hoặc các giấy tờ liên quan.


Lưu bản giấy hay bản điện tử?

Đây là câu hỏi nhiều doanh nghiệp quan tâm.

Xu hướng hiện nay là số hóa hồ sơ để thuận tiện cho việc tra cứu và quản lý.

Doanh nghiệp nên xây dựng hệ thống lưu trữ theo nguyên tắc:

  • Lưu bản gốc đối với những chứng từ cần thiết theo quy định hoặc theo yêu cầu của đối tác.

  • Đồng thời lưu bản điện tử có phân loại rõ ràng theo từng lô hàng, số tờ khai hoặc thời gian.

Việc số hóa giúp:

  • Tìm kiếm nhanh.

  • Giảm nguy cơ thất lạc.

  • Dễ chia sẻ cho các bộ phận liên quan.

  • Hỗ trợ làm việc với cơ quan Hải quan khi cần.

Tuy nhiên, doanh nghiệp cần bảo đảm tính đầy đủ, rõ ràng và khả năng xuất trình của hồ sơ khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.


Điều gì xảy ra nếu doanh nghiệp làm mất hồ sơ?

Việc thất lạc hồ sơ không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp bị xử phạt trong mọi trường hợp, nhưng sẽ làm tăng đáng kể rủi ro khi cơ quan Hải quan kiểm tra.

Doanh nghiệp có thể gặp khó khăn trong việc:

  • Chứng minh căn cứ áp mã HS.

  • Giải trình trị giá hải quan.

  • Chứng minh điều kiện hưởng ưu đãi thuế.

  • Chứng minh xuất xứ hàng hóa.

  • Đối chiếu với sổ sách kế toán và chứng từ thanh toán.

Trong trường hợp không có đủ tài liệu để giải trình, doanh nghiệp có thể đối mặt với việc bị ấn định lại nghĩa vụ thuế hoặc xử lý theo quy định nếu cơ quan Hải quan xác định có vi phạm.


Những sai lầm doanh nghiệp thường gặp

Qua thực tế hỗ trợ khách hàng, Đại Lâm Logistics nhận thấy một số sai sót phổ biến như:

  • Chỉ lưu hồ sơ tại bộ phận xuất nhập khẩu mà không có bản sao dự phòng.

  • Không lưu email trao đổi với nhà cung cấp hoặc khách hàng.

  • Không lưu catalogue và tài liệu kỹ thuật – những tài liệu rất quan trọng khi giải trình về mã HS.

  • Lưu hồ sơ rời rạc, không theo từng lô hàng.

  • Chỉ lưu bản giấy, không số hóa dữ liệu.

Những sai sót này thường chỉ bộc lộ khi doanh nghiệp bị kiểm tra sau thông quan hoặc cần đối chiếu hồ sơ sau nhiều năm.


Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình lưu trữ như thế nào?

Để giảm thiểu rủi ro, doanh nghiệp nên xây dựng quy trình lưu trữ hồ sơ ngay từ đầu.

Một số khuyến nghị gồm:

  • Lập danh mục hồ sơ cho từng lô hàng.

  • Lưu hồ sơ theo số tờ khai hoặc số hợp đồng.

  • Số hóa toàn bộ chứng từ ngay sau khi hoàn tất thủ tục.

  • Phân quyền truy cập và sao lưu dữ liệu định kỳ.

  • Kiểm tra định kỳ để bảo đảm hồ sơ vẫn đầy đủ và có thể truy xuất nhanh.

Một hệ thống lưu trữ khoa học không chỉ phục vụ kiểm tra của cơ quan Hải quan mà còn hỗ trợ công tác kế toán, kiểm toán và quản trị nội bộ.


Đại Lâm Logistics – Đồng hành cùng doanh nghiệp xây dựng hồ sơ xuất nhập khẩu bài bản

Tại Đại Lâm Logistics, chúng tôi không chỉ hỗ trợ khai báo hải quan mà còn tư vấn doanh nghiệp xây dựng quy trình quản lý hồ sơ xuất nhập khẩu ngay từ đầu.

Các dịch vụ của chúng tôi bao gồm:

  • Tư vấn chính sách xuất nhập khẩu.

  • Rà soát hồ sơ trước khi mở tờ khai.

  • Tư vấn mã HS và trị giá hải quan.

  • Hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ kiểm tra sau thông quan.

  • Đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình làm việc với cơ quan Hải quan.

Mục tiêu của chúng tôi là giúp doanh nghiệp không chỉ thông quan thuận lợi mà còn duy trì mức độ tuân thủ cao trong suốt quá trình hoạt động.


Kết luận

Lưu giữ hồ sơ hải quan không phải là một thủ tục mang tính hình thức mà là một phần quan trọng trong quản trị rủi ro của doanh nghiệp xuất nhập khẩu.

Việc lưu trữ đầy đủ, khoa học và đúng thời hạn sẽ giúp doanh nghiệp chủ động khi cơ quan Hải quan kiểm tra, đồng thời bảo vệ quyền lợi của mình trong các vấn đề liên quan đến thuế, xuất xứ và chính sách quản lý hàng hóa.

Trong bối cảnh hoạt động kiểm tra sau thông quan ngày càng được tăng cường, đầu tư cho một hệ thống lưu trữ hồ sơ bài bản chính là đầu tư cho sự an toàn và phát triển bền vững của doanh nghiệp.


ĐẠI LÂM LOGISTICS – Cùng Đại Lâm, vươn tầm thế giới.

📍 Địa chỉ: Khu BT Vista Largo, Khu đô thị Nam An Khánh, TP Hà Nội, Việt Nam.

🌐 Website: dailamlogics.com

📧 Email: contact@dailamlogistics.com

📞 Hotline: 032 844 8668

Liên hệ