Trong hoạt động sản xuất, không hiếm trường hợp doanh nghiệp đã nhập khẩu nguyên vật liệu, hoàn thành nghĩa vụ thuế tại khâu nhập khẩu nhưng sau đó phải xuất trả lại nhà cung cấp nước ngoài do thay đổi kế hoạch sản xuất hoặc không còn nhu cầu sử dụng.
Một vấn đề thường được doanh nghiệp quan tâm là: Thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã nộp khi nhập khẩu có được khấu trừ khi hàng được xuất trả hay không?
Theo hướng dẫn của Thuế tỉnh Ninh Bình tại Công văn số 9527/NBI-QLDN1, số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu đối với nguyên vật liệu sau đó xuất trả nhà cung cấp nước ngoài có thể được khấu trừ nếu doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định.
Điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý là việc khấu trừ thuế và áp dụng thuế suất GTGT 0% không diễn ra tự động chỉ vì hàng hóa đã được xuất ra khỏi Việt Nam.
Theo nội dung vụ việc, doanh nghiệp nhập khẩu nguyên vật liệu để phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT và đã thực hiện nộp thuế GTGT tại khâu nhập khẩu.
Sau đó, do có sự thay đổi trong kế hoạch sản xuất, doanh nghiệp không còn nhu cầu sử dụng số nguyên vật liệu này và quyết định xuất trả lại hàng hóa cho nhà cung cấp ở nước ngoài.
Đối với trường hợp trên, Thuế tỉnh Ninh Bình hướng dẫn rằng số thuế GTGT doanh nghiệp đã nộp ở khâu nhập khẩu được khấu trừ nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo Điều 14 Văn bản hợp nhất Luật Thuế GTGT số 114/VBHN-VPQH ngày 20/5/2026.
Đây cũng là phần doanh nghiệp xuất nhập khẩu cần đặc biệt chú ý.
Theo hướng dẫn được nêu, các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào bao gồm chứng từ nộp thuế GTGT tại khâu nhập khẩu, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và các hồ sơ liên quan theo quy định.
Đối với hàng hóa xuất khẩu, ngoài những điều kiện trên, doanh nghiệp còn phải có các hồ sơ, chứng từ liên quan như:
Như vậy, việc doanh nghiệp thực tế đã đưa hàng ra khỏi Việt Nam chưa phải là yếu tố duy nhất quyết định quyền khấu trừ thuế.
Bản chất của giao dịch và tính đầy đủ, hợp lệ của bộ hồ sơ chứng từ vẫn là những căn cứ quan trọng.
Cơ quan Thuế cũng hướng dẫn đối với hóa đơn GTGT được lập trong tháng 6/2026 khi doanh nghiệp xuất trả hàng hóa.
Nếu giao dịch đáp ứng đầy đủ điều kiện áp dụng thuế suất GTGT 0% theo Điều 9 Luật Thuế GTGT và Điều 17, Điều 18 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp thực hiện kê khai giá trị hàng hóa xuất trả tại:
Chỉ tiêu [29] – Hàng hóa, dịch vụ bán ra chịu thuế suất 0%
trên Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT quý II/2026.
Điều cần nhấn mạnh ở đây là mức thuế suất 0% cũng không mặc nhiên áp dụng cho mọi trường hợp xuất trả hàng hóa. Doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện được pháp luật quy định.
Đây có lẽ là điểm quan trọng nhất doanh nghiệp nên rút ra từ hướng dẫn trên.
Một lô nguyên vật liệu đã:
Nhập khẩu → Nộp thuế GTGT → Không còn nhu cầu sử dụng → Xuất trả nhà cung cấp
không đồng nghĩa doanh nghiệp chỉ cần hoàn thành tờ khai tái xuất là toàn bộ vấn đề thuế đã được xử lý.
Doanh nghiệp còn phải chứng minh được bản chất của giao dịch và đảm bảo hồ sơ, chứng từ đáp ứng điều kiện theo quy định.
Vì vậy, ngay từ khi phát sinh quyết định trả hàng, các bộ phận mua hàng – xuất nhập khẩu – kế toán/thuế cần phối hợp với nhau để thống nhất hồ sơ, thay vì xử lý từng công đoạn độc lập.
Từ hướng dẫn của cơ quan Thuế, doanh nghiệp có thể chủ động rà soát một số nội dung quan trọng:
Việc rà soát từ trước khi hàng được xuất trả sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế tình trạng hàng đã đi nhưng hồ sơ thuế phía sau chưa hoàn chỉnh.
Từ góc độ xuất nhập khẩu, trường hợp xuất trả hàng cho nhà cung cấp nước ngoài là một ví dụ cho thấy thủ tục hải quan và xử lý thuế luôn có mối liên hệ chặt chẽ nhưng không hoàn toàn đồng nhất.
Doanh nghiệp có thể đã hoàn thành việc xuất hàng về mặt logistics và hải quan, nhưng quyền khấu trừ thuế GTGT vẫn phụ thuộc vào việc giao dịch có đáp ứng đúng điều kiện pháp luật và bộ hồ sơ có đầy đủ, hợp lệ hay không.
Đặc biệt đối với nguyên vật liệu nhập khẩu phục vụ sản xuất, khi phát sinh nhu cầu xuất trả, doanh nghiệp nên xác định phương án xử lý ngay từ đầu: bản chất giao dịch là gì, sử dụng loại hình hải quan nào, cần những chứng từ nào và việc kê khai thuế sẽ được thực hiện ra sao.
Sự chủ động này giúp hạn chế một trong những rủi ro khá phổ biến trong hoạt động XNK: bộ phận logistics hoàn thành việc đưa hàng đi, nhưng bộ phận kế toán sau đó lại thiếu chứng từ để xử lý nghĩa vụ thuế.
Hướng dẫn của Thuế tỉnh Ninh Bình cho thấy doanh nghiệp có cơ sở khấu trừ số thuế GTGT đã nộp tại khâu nhập khẩu đối với nguyên vật liệu sau đó xuất trả nhà cung cấp nước ngoài, với điều kiện đáp ứng đầy đủ các yêu cầu theo quy định.
Do đó, khi phát sinh tình huống xuất trả hàng nhập khẩu, doanh nghiệp không nên chỉ quan tâm đến việc booking, vận chuyển hay hoàn thành tờ khai hải quan. Hồ sơ thương mại, chứng từ thanh toán, chứng từ thuế và chứng từ vận tải cũng cần được chuẩn bị đồng bộ.
Một bộ hồ sơ được xây dựng đúng ngay từ đầu không chỉ giúp quá trình xuất trả diễn ra thuận lợi mà còn góp phần bảo vệ quyền lợi về thuế và hạn chế rủi ro khi cơ quan quản lý kiểm tra sau này.
Đại Lâm Logistics đồng hành cùng doanh nghiệp trong hoạt động logistics và xuất nhập khẩu, hướng tới giải pháp chủ động – minh bạch – phù hợp với từng giao dịch, giúp doanh nghiệp kiểm soát tốt hơn quá trình vận chuyển và thực hiện thủ tục liên quan.
ĐẠI LÂM LOGISTICS
Chính trực – Chủ động – Đồng hành – Trách nhiệm
📞 Hotline: 032 844 8668
📧 Email: contact@dailamlogistics.com
📍 Khu BT Vista Largo, Khu đô thị Nam An Khánh, Xã An Khánh, TP. Hà Nội.
Nguồn tham khảo: Công văn số 9527/NBI-QLDN1 của Thuế tỉnh Ninh Bình và các văn bản pháp luật được dẫn chiếu trong hướng dẫn.
